У Филијали РФЗО се:

спроводи обавезно здравствено осигурање на свом подручју;

планирају потребе осигураних лица са свог подручја и праве планови рада у складу са расположивим финансијским средствима, односно са финансијским планом Републичког фонда;

располаже пренетим средствима за спровођење обавезног здравственог осигурања за осигурана лица са свог подручја, у складу са овим законом;

обезбеђује остваривање права из здравственог осигурања за осигурана лица са свог подручја, у складу са законом и прописима донетим за спровођење закона;

закључују уговори са даваоцима здравствених услуга;

организује и врши контрола извршавања уговорних обавеза давалаца здравствених услуга са којима је закључен уговор, ради заштите права осигураних лица;

обезбеђује законито, наменско и економично трошење пренетих средстава обавезног здравственог осигурања на свом подручју;

води матична евиденција осигураних лица са подацима потребним за спровођење обавезног здравственог осигурања и за обезбеђивање и контролу остваривања права из тог осигурања;

врши контрола пријављивања на осигурање, одјављивања са осигурања и пријављивање промене у осигурању, као и контрола свих података од значаја за стицање, коришћење и престанак права;

води евиденција и прати наплата доприноса, са надлежним органима, размењују подаци са надлежним органима о обвезницима доприноса за здравствено осигурање, као и други подаци везани за допринос;

пружа потребна стручна помоћ осигураним лицима у вези са остваривањем права из обавезног здравственог осигурања и заштитом њихових интереса у осигурању;

врше одређени послови у спровођењу међународних уговора о здравственом осигурању;

обезбеђују услови за рад првостепених и другостепених лекарских комисија на свом подручју, у складу са актима Републичког фонда;

обављају послови у вези са накнадом штете у спровођењу обавезног здравственог осигурања;

обављају одређени послови добровољног здравственог осигурања које организује и спроводи Републички фонд;

врши обрачун, контрола и исплата накнада зарада и других новчаних накнада из здравственог осигурања и воде одговарајуће евиденције;

врши контрола остваривања права из здравственог осигурања;

обављају послови у вези са остваривањем права на медицинско - техничка помагала, индикације за њихово коришћење, стандарде материјала, рокове трајања, као и начин и поступак остваривања права на медицинско - техничка помагала;

закључују уговори са изабраним лекаром;

обављају послови планирања, анализе и статистике;

обављају рачуноводствено - финансијски послови и припремају подаци за израду тромесечних извештаја, обрачуна и завршног рачуна;

врши ликвидација и контрола рачуна за пружене здравствене услуге и благајнички послови;

обављају послови коришћења и одржавања информационог система здравственог осигурања;

обављају послови заступања пред судовима и другим органима на подручју филијале, по овлашћењу директора;

обављају и други послови у складу са законом и статутом.

У испостави филијале и истуреном шалтеру Филијале се:

обављају послови здравственог осигурања за осигурана лица са подручја испоставе филијале, односно подручја истуреног шалтера Филијале;

обављају послови у вези са радом лекарских комисија приликом одлучивања у првом степену;

воде прописане евиденције и статистика из здравственог осигурања;

обављају послови примене међународних споразума из области здравственог осигурања;

врши обрачун, контрола и исплата новчаних накнада;

врши овера исправа о здравственом осигурању;

врши овера предлога за медицинско - техничка помагала;

врши ликвидација и контрола рачуна за пружене здравствене услуге и благајнички послови;

обављају и други послови које филијала пренесе испостави односно истуреном шалтеру.

Ради спровођења здравственог осигурања, у складу са законом и Статутом Републичког фонда образоване су филијале са испоставама и истуреним шалтерима, и то:

1. Филијала за Северно-бачки округ са седиштем у Суботици са испоставама у: Бачкој Тополи и Малом Иђошу;
2. Филијала за Средње-банатски округ са седиштем у Зрењанину са испоставама у: Новом Бечеју, Новој Црњи, Житишту и Сечњу;
3. Филијала за Северно-банатски округ са седиштем у Кикинди са испоставама у: Кањижи, Сенти, Ади, Чоки и Новом Кнежевцу;
4. Филијала за Јужно-банатски округ са седиштем у Панчеву са испоставама у: Пландишту, Опову, Ковачици, Алибунару, Вршцу, Белој Цркви и Ковину;
5. Филијала за Западно-бачки округ са седиштем у Сомбору са испоставама у: Апатину, Оџацима и Кули;
6. Филијала за Јужно-бачки округ са седиштем у Новом Саду са испоставама у: Србобрану, Бечеју, Врбасу, Бачкој Паланци, Бачком Петровцу, Жабљу, Тителу, Темерину, Беочину, Бачу и Сремским Карловцима;
7. Филијала за Сремски округ са седиштем у Сремској Митровици са испоставама у: Шиду, Инђији, Иригу, Руми, Старој Пазови и Пећинцима;
8. Филијала за Мачвански округ са седиштем у Шапцу са испоставама у: Богатићу, Лозници, Владимирцима, Коцељеви, Малом Зворнику, Крупњу и Љубовији;
9. Филијала за Колубарски округ са седиштем у Ваљеву са испоставама у: Осечини, Убу, Лајковцу, Мионици и Љигу;
10. Филијала за Подунавски округ са седиштем у Смедереву са испоставама у: Смедеревској Паланци и Великој Плани;
11. Филијала за Браничевски округ са седиштем у Пожаревцу са испоставама у: Великом Градишту, Голубцу, Малом Црнићу, Жабарима, Петровцу, Кучеву и Жагубици;
12. Филијала за Шумадијски округ са седиштем у Крагујевцу са испоставама у: Аранђеловцу, Тополи, Рачи, Баточини, Книћу , Лапову;
13. Филијала за Поморавски округ са седиштем у Јагодини са испоставама у: Ћуприји, Параћину, Свилајнцу, Деспотовцу и Рековцу;
14. Филијала за Борски округ са седиштем у Бору са испоставама у: Кладову, Мајданпеку и Неготину и иистуреним шалтером у Доњем Милановцу;
15. Филијала за Зајечарски округ, без општине Сокобања са седиштем у Зајечару са испоставама у: Бољевцу и Књажевцу;
16. Филијала за Златиборски округ са седиштем у Ужицу са испоставама у: Бајиној Башти, Косјерићу, Ариљу, Новој Вароши, Пожеги, Прибоју, Пријепољу, Чајетини и Сјеници;    
17. Филијала за Моравички округ са седиштем у Чачку са испоставама у: Горњем Милановцу, Лучанима и Ивањици ;
18. Филијала за Рашки округ са седиштем у Краљеву са испоставама у: Врњачкој Бањи, Рашки, Новом Пазару и Тутину и истуреним шалтером у Ушћу;
19. Филијала за Расински округ са седиштем у Крушевцу са испоставама у: Варварину, Трстенику, Ћићевцу, Александровцу и Брусу;
20. Филијала за Нишавски округ са седиштем у Нишу са испоставама у: Алексинцу, Сврљигу, Мерошини, Дољевцу, Гаџином Хану, Сокобањи и Ражњу;
21. Филијала за Топлички округ са седиштем у Прокупљу са испоставама у: Блацу, Куршумлији и Житорађи;
22. Филијала за Пиротски округ са седиштем у Пироту са испоставама у: Белој Паланци, Бабушници и Димитровграду;
23. Филијала за Јабланички округ са седиштем у Лесковцу са испоставама у: Бојнику, Лебану, Медвеђи, Власотинцу и Црној Трави и истуреним шалтерима у: Вучју, Грделици и Брестовцу;
24. Филијала за Пчињски округ са седиштем у Врању са испоставама у: Владичином Хану, Сурдулици, Босилеграду, Трговишту, Бујановцу и Прешеву;
25. Филијала за Косовски округ са седиштем у Приштини са испоставама у: Подујеву, Обилићу, Косову Пољу, Глоговцу, Штимљу, Урошевцу, Качанику, Липљану и Штрпцу;
26. Филијала за Пећки округ са седиштем у Пећи са испоставама  у: Истоку, Клини, Дечану и Ђаковици;
27. филијала за Призренски округ са седиштем у Призрену са испоставама у: Сувој Реци, Ораховцу, Гори и Опољу;
28. Филијала за Косовско-митровачки округ са седиштем у Косовској Митровици са испоставама у: Зубином Потоку, Лепосавићу, Звечану, Србици и Вучитрну;
29. Филијала за Косовско-поморавски округ са седиштем у Гњилану са испоставама у: Косовској Каменици, Новом Брду и Витини;
30. Филијала за град Београд са седиштем у Београду са испоставама у: Вождовцу, Врачару, Звездари, Гроцкој, Земуну, Лазаревцу, Младеновцу, Новом Београду, Палилули, Раковици, Обреновцу, Савском венцу, Сопоту, Старом граду, Чукарици,  Барајеву и Сурчину.
Обављање послова  филијала Републичког фонда на простору Космета  привремено се организује у:
1. Филијали за Косовски округ са седиштем у Грачаници и организационим јединицама Штрпце, Косово Поље, Обилић, Штимље, Липљан, Урошевац, Гораждевац, Осојане, Ђаковица, Призрен, Ораховац, Гора и Средска- за филијале за Косовски, Пећки и Призренски округ,
2. Филијали за Косовско-митровачки округ са седиштем у Звечану  и организационим јединицама Прилужје, Лепосавић, Зубин Поток и Звечан - за филијалу за Косовско-митровачки округ,
3. Филијали за Косовско-поморавски округ са седиштем у Ранилугу и организационим јединицама Ново Брдо, Каменица, Будрига и Шилово - за филијалу за Косовско-поморавски округ.

Контакт податке свих филијала и испостава са истуреним шалтерима можете пронаћи на страни Контакт.